种业是农业产业链的源头，是国家战略性、基础性核心产业，在保障国家粮食安全和农业产业安全上发挥着不可替代的作用。我国农业科研院所进行企业化转制以来，种业取得了较快发展，在提高粮食单产、保障国家粮食安全，促进种子出口、提升国际竞争力等方面取得一定成就。但我国种业转型发展还面临很多问题，亟须引起重视，采取有力措施，促进我国种业健康快速发展。
　　我国种业发展面临的突出问题
　　（一）公益性、商业性育种界线依然模糊
　　近年来，我国出台一系列文件，在实现事企脱钩，促进种业公益性、商业性科研分离方面取得一定成效。但从调研看，公益性、商业性育种活动依然混淆。一方面，农业科研机构仍然进行商业性育种。部分农业科研机构育成品种之后，就卖给一些小微企业，投入市场，获取收益，对同类商业育种企业形成低价冲击，降低了企业研发积极性。另一方面，改制后的大部分企业在研发方面高度依赖原单位。大部分种子企业都是依托农业科研机构成立，对科研机构的依赖短期内难以改变。
　　（二）企业研发投入少、创新能力弱
　　当前跨国种业公司研发投入力度很大，一般占销售额的10%—30%，美国孟山都公司2014财年研发投入占销售额的10.7%，约17亿美元？相比之下，我国种业公司研发投入偏低，2014年我国种业企业前十强研发投入合计仅占销售额的4.7%，只有5.1亿元，不到孟山都公司的5%？部分大型企业研发投入极低，敦煌种业研发投入只有755.42万元，仅占销售额的0.6%？
　　从研发力量看，先正达公司科研人员有5000多人，我国种业企业前十强科研人员合计只有1694人，不到先正达的三分之一？部分中小企业研发能力更弱，据调研，湖南省部分种业公司研发人员不到10人，有些刚刚改制的种业公司，甚至没有研发人员，完全没有研发能力？
　　（三）传统育种模式效率极低
　　我国大多数企业尚处于传统育种阶段，传统封闭式小规模育种必然带来低效率问题。我国种业企业、科研院所一般都是依靠数个育种专家及其带领的小团队，进行“家庭作坊式”育种，育种团队之间也缺乏合作和交流。小规模育种能够测试的品种极其有限，获取优良品种只是偶然事件。我国育种专家不少，团队也多，但培育出的有竞争力品种不多，效率很低。
　　国外成功经验表明，高效率的育种模式应该是大规模、分工协作的现代化商业育种模式。测试规模足够大，就能够把选育出优良品种这个偶然事件变成必然事件。并且，测试规模越大，结果也就越可靠，选育出的品种也就越优秀。依靠现代商业化育种模式，国际种业巨头可以培育出极具竞争力的商业化品种。
　　（四）小规模制种导致种子质量低成本高
　　我国制种基地分散、规模很小，种子生产以一家一户为主。大多数企业采取向农户提供父本、母本种子，由农户种植、管理、收割，企业再向农户收购的方式制种，种子生产机械化、规模化、集约化、标准化程度很低。
　　家庭式制种模式难以保证种子质量。在种子栽培环节，难以达到严格隔离和单品种成片种植要求，容易受到外来花粉的污染，产生生物学混杂退化，导致品种纯度下降。在播种、栽插、收获、脱粒、运输、晾晒、储藏等各个环节均可能发生机械混杂，降低种子质量。
　　家庭式制种模式难以降低种子生产成本。我国种子生产机械化水平很低，种子种植、施肥、打药、收割等环节主要靠人工完成。近几年我国农业劳动力成本大幅度上涨，逐年推高种子生产成本。据调查，杂交水稻制种成本更高，父本、母本必须严格分开播种、管理、收割，需要支付大量人工成本，企业不堪重负。
　　（五）品种审定制度不利于新品种研发推广
　　品种审定制度为我国种业发展作出了很大贡献，但也存在一些不容忽视的问题。第一是科研与市场脱节，第二是留下了寻租腐败空间，第三是把风险留给了种植户和政府，第四是不利于新品种推广。